du willst einen Explorer?
Naja, du könntest (das is wohl die einfachste Lösung) einfach in jedes Directory eine "für den Benutzer unsichtbare Datei" einfügen, z.B.
access.allowed
Dein Explorer Script prĂĽft dann einfach, ob diese Datei existiert (wenn du einen neuen Ordner anlegst oder so, musst du diese Datei natĂĽrlich auch anlegen).
Zusätzlich kannst du damit dein Explorer Script ja erweitern und in dieser Datei ein paar Sachen speichern, z.B. Zugriffsrechet der Datei, IP Adresse, was auch immer.
Wichtig ist halt, dass du z.B. per .htaccess den Zugriff auf diese Datei verbietest, und auch ein Explorer Script sollte diese Datei nicht anzeigen.
Grundsätzlich solltest du dich nie auf Sicherheitsroutinen anderer verlassen, zumindest nicht, wenn es um kritische Daten - wie in dem Fall dein System - geht.
Unter Linux KĂ–NNTE man so etwas mit einer ordentlichen Systemkonfiguration verhindern, aber 100 prozentig sicher ist es deshalb auch nicht - jedes System hat irgendwo eine Schwachstelle.